Ekologiczne produkty przetworzone muszą być produkowane przy użyciu metod przetwarzania, które gwarantują przestrzeganie zasad produkcji ekologicznej i utrzymanie zasadniczych cech produktu na wszystkich etapach produkcji (czyli począwszy od produkcji wstępnej produktu ekologicznego aż do przechowywania, przetwarzania, transportu, sprzedaży - wprowadzania do obrotu lub zaopatrzenia ostatecznego konsumenta, jak również – znakowanie, reklamę, import, eksport oraz działania podwykonawcze).
 
Podstawowe zasady do spełnienia przez Przetwórcę zgodnie z wymaganiami Rozporządzenia Rady (WE) NR 848/2018 które obejmuje: 

  • Wytwarzanie żywności ekologicznej z ekologicznych składników rolniczych.
  • Ograniczenie stosowania dodatków do żywności, składników nieekologicznych pełniących głównie funkcje technologiczne i sensoryczne, jak również mikroelementów oraz substancji pomocniczych w przetwórstwie, tak by były stosowane w minimalnym zakresie i tylko na wypadek istotnej potrzeby technologicznej lub do szczególnych celów żywieniowych.
  • Wykluczenie substancji i metod przetwarzania mogących wprowadzać w błąd w kwestii prawdziwej natury danego produktu.
  • Staranne przetwarzanie żywności, najlepiej przy zastosowaniu metod biologicznych, mechanicznych i fizycznych.
  • Przygotowanie przetworzonej żywności ekologicznej jest oddzielone w czasie lub przestrzeni od przygotowania żywności nieekologicznej (konwencjonalnej)
  • Zakaz stosowania GMO i produktów wytworzonych z GMO lub przy ich użyciu.
  • Zakaz stosowania promieniowania jonizującego.

Oznaczenie logiem rolnictwa ekologicznego. Żywność przetworzona może być oznaczona jako ekologiczna, wyłącznie jeżeli wszystkie lub niemal wszystkie składniki pochodzenia rolnego są ekologiczne (zakaz stosowania tego logo do znakowania produktów wytworzonych w okresie konwersji lub przetworzonych środków spożywczych, w których mniej niż 95% składników pochodzenia rolnego to składniki pochodzące z rolnictwa ekologicznego). W przetwórstwie można wykorzystywać jedynie certyfikowane surowce pochodzące z gospodarstw ekologicznych.
 

Podstawowymi elementami certyfikacji są: kontrola przeprowadzona u producenta oraz nadzór w okresie ważności certyfikatu obejmujący doraźne kontrole u producenta.